O PENSA desenvolveu uma metodologia para estudo dos Sistemas Agroindustriais e das organizações estabelecidas neste contexto, baseada em três marcos conceituais:
• Estrutura do mercado dos segmentos (Organização Industrial);
• Economia em Custos de Transação com base nas características das transações entre os agentes do sistema;
• Ambiente institucional relevante para o negócio.
A Nova Economia Institucional contempla a análise das instituições que delimitam as regras do jogo nos mercados e na sociedade, bem como a análise das inter-relações das organizações por meio da economia dos custos de transação. A teoria da Organização Industrial, por sua vez, permite a análise de setores, grupos estratégicos e estrutura dos mercados.
A aplicabilidade conjunta dessas bases teóricas consiste em uma poderosa ferramenta que permite a análise voltada para políticas públicas e estratégias privadas.
O PENSA desenvolve essa competência por meio de 3 áreas de atuação: